El Consejo Federal Español del Movimiento Europeo cuenta con una serie de Consejos Autonómicos, de los cuales unos se encuentran en permanente actividad y otros en un proceso de reactivación. En la actualidad contamos con doce Consejos Autonómicos:
Conformados
- Andaluz
- Canario
- Cántabro
- Catalán
- Extremeño
- Navarro
- País Vasco
- Valenciano
Interinos:
- Castilla y León
- Galicia
- La Rioja
- Murcia