El Consejo Federal Español del Movimiento Europeo cuenta con una serie de Consejos Autonómicos, de los cuales unos se encuentran en permanente actividad y otros en un proceso de reactivación. En la actualidad contamos con doce Consejos Autonómicos:
Conformados
- Consejo Andaluz del Movimiento Europeo
- Consejo Asturiano del Movimiento Europeo
- Consejo Canario del Movimiento Europeo
- Consejo Cántabro del Movimiento Europeo
- Consejo Castellano Manchego del Movimiento Europeo
- Consejo Catalán del Movimiento Europeo
- Consejo Extremeño del Movimiento Europeo
- Consejo Navarro del Movimiento Europeo
- Consejo Vasco del Movimiento Europeo
- Consejo Valenciano del Movimiento Europeo
Interinos:
- Consejo Castellano Leonés del Movimiento Europeo
- Consejo Gallego del Movimiento Europeo
- Consejo Riojano del Movimiento Europeo
- Consejo Murciano del Movimiento Europeo
- Consejo Balear del Movimiento Europeo