El Consejo Federal Español del Movimiento Europeo cuenta con una serie de Consejos Autonómicos, de los cuales unos se encuentran en permanente actividad y otros en un proceso de reactivación. En la actualidad contamos con diez Consejos Autonómicos de los cuales por relevancia y actividad señalamos los siguientes:
Consejo Valenciano del Movimiento Europeo
Consejo Murciano del Movimiento Europeo